Budynek został zaprojektowany przez meksykańskiego architekta Michela Rojkinda, który początkowo został poproszony przez właścicieli o zaprojektowanie zadaszonego przejścia między budynkami produkcyjnymi dla odwiedzających fabrykę.
Ale Rohkind zaproponował zbudowanie tam całego muzeum (jednak o wydłużonym planie i pełniącego funkcję łącznika). Teraz, zanim na własne oczy zobaczą produkcję czekolady, zwiedzający, głównie dzieci, będą mogli w małej sali posłuchać historii tego wspaniałego produktu, a następnie odwiedzić sklep muzealny. Następnie przejdą długim tunelem do warsztatu fabrycznego.
Budynek o powierzchni 634 mkw. m osiąga 300 m długości i wije się po terenie kompleksu przemysłowego, jak ogromny jaskrawoczerwony potwór. Sam architekt porównuje go do rzeźby z papieru origami, statku kosmicznego lub „halbriha” - fantastycznej istoty meksykańskiego folkloru. Wewnątrz większość pokoi jest całkowicie biała, z wyjątkiem „teatru” z zielonymi dywanami na podłodze i tabliczkami czekolady.
Muzeum zostało zaprojektowane i zbudowane w zaledwie dwa i pół miesiąca; w tym celu architekci i pracownicy musieli pracować przez całą dobę, dzieląc każdego dnia na trzy ośmiogodzinne zmiany.
