Muzeum powstało w pobliżu Kanału Raduni, na pograniczu Starego Miasta i portu, na miejscu całkowicie zniszczonej w czasie wojny dzielnicy Vyadrovnya (nazwanej na cześć mieszkających tam w dawnych czasach rzemieślników, którzy wykonali wiadra drewniane). Poczta znajduje się 200 metrów od nowego budynku, a do Wojskowego Magazynu Tranzytowego na Półwyspie Westerplatte są trzy kilometry. Te dwa obiekty były jedynymi polskimi instytucjami państwowymi w neutralnym Gdańsku-Gdańsku w latach trzydziestych XX wieku, a II wojna światowa rozpoczęła się atakiem nazistowskich Niemiec 1 września 1939 roku.
Projekt
muzeum jest bardzo ambitne: pokazać nie tylko polskie doświadczenia lat wojny, ale także doświadczenia ogólnoeuropejskie i światowe; Takich muzeów na świecie praktycznie nie ma, gdyż nawet największe tego typu instytucje skupiają się na regionalnej i narodowej historii II wojny światowej. Jednak w trakcie tworzenia Muzeum Gdańskiego (konkurs architektoniczny odbył się w 2010 roku, budowa rozpoczęła się w 2012 roku, a otwarto 23 marca 2017 roku) do władzy w Polsce doszli „prawicowcy”, którzy wyrazili niezadowolenie z „kosmopolitycznej”Charakter ekspozycji (projekt wykonała belgijska pracownia Tempora; według koncepcji ówczesnego dyrektora muzeum historyka Pawła Makhtsevicha główny nacisk położono na realne eksponaty, jest ich około 2000, w tym T- 34 i Junkers Ju-87 "Stuka", choć istnieje również 250 ekranów multimedialnych, dzieło krakowskiego studia Nolabel). Zaplanowano połączenie muzeum II wojny światowej z nowopowstałym Muzeum Westerplatte w bardziej „patriotyczną” edukację, w kwietniu 2017 roku Machcewicz został zwolniony, a teraz planuje się poprawienie, a nawet zastąpienie 11-milionowej ekspozycji wystawą „w we właściwy sposób”. Więcej o muzeum i toczącej się wokół niego politycznej walce można przeczytać tutaj i tutaj, w ostatniej części jego ekspozycji zatytułowanej „Długi cień wojny”.
Architekci Kwadratu celowo porzucili konkretne formy: ich projekt można interpretować na różne sposoby, ale konstrukcja okazała się intensywna emocjonalnie. Przestrzeń wystawiennicza zlokalizowana jest głęboko pod ziemią, to strefa przeszłości, w której zwiedzający schodzą na długi czas, dostrajając się do odbioru z definicji bardzo ciężkich treści. Jednak nieustannie towarzyszy im promień słońca - część podziemną przecina „wąwóz”, od zewnątrz zaprojektowany jako przeszklony pas między dwiema ścianami gabionów, główną osią kompleksu. Gabiony wypełnione są tłuczniem i cegłami z wojennych ruin Gdańska - metafora budowania nowego życia. Przyszłość to także taras widokowy na szczycie asymetrycznej wieży (40,5 m), z którego otwierają się widoki na odrodzone miasto. Rozległy obszar wokół muzeum to współczesność.
Wieża (ośrodek dydaktyczny, biblioteka, wydziały naukowe, restauracja) oraz niski budynek części administracyjnej pokryte są czerwonymi płytami betonowymi i częściowo przeszklone, zastosowano również stal czarną. Szorstki beton, stal czarna, dąb są szeroko stosowane we wnętrzach zaprojektowanych przez biuro Loft, a także w sklepie muzealnym wykorzystano miedź.
Czerwony kolor elewacji nawiązuje do cegły kościoła Marii Panny: w końcu muzeum jest taktownie, ale mimo to wkomponowane w panoramę miasta i widoczne z jego centrum. Obecnie wokół budynku są nieużytki, ale wkrótce pojawi się tam nowy obszar: Gdańsk, podobnie jak wiele innych miast portowych, przekształca swój port przemysłowy w strefę rozwoju mieszanego.
