Muzeum powstanie przy ulicy Valovaya, w pobliżu Kanału Raduni - w malowniczym i niezatłoczonym zakątku Starego Miasta. To miejsce niezwykle ważne dla historii Polski i Europy. Niedaleko okresu przedwojennego, kiedy Gdańsk nosił nazwę „Wolne Miasto Gdańsk” i był neutralnym obszarem podlegającym Lidze Narodów, działa Poczta Polska. W okresie międzywojennym była to jedna z dwóch polskich instytucji państwowych na terenie miasta (drugą była Wojskowa Składnica Tranzytowa na Półwyspie Westerplatte). Dlatego 1 września 1939 r., Pierwszego dnia II wojny światowej, poczta stała się jednym z głównych celów nazistowskich oddziałów i pomimo heroicznego oporu pracowników poczty (część z nich zginęła w walce lub później) zmarł od ran, resztę rozstrzelali hitlerowcy), został przez nich schwytany. Obecnie w budynku wraz z pocztą mieści się muzeum, a pobliski plac nosi imię Obrońców Poczty Polskiej. Muzeum II Wojny Światowej, które ma zostać otwarte w 2014 roku, w 75. rocznicę jego powstania, uzupełni to miejsce pamięci.
Decyzję o tym, który projekt muzeum zasługuje na realizację, podjęli przewodniczący jury, Wiceprezydent Gdańska Wiesław Bielawski, polscy architekci Grzegorz Bucek, Wiesław Chabański i Wiesław Gruszkowski, przedstawiciele międzynarodowego środowiska architektonicznego Daniel Libeskind, Hans Stiman i George Ferguson, a także historyk Wojciech Duda, dyrektor Museum of London, brytyjsko-polski pochodzenia Jack Lohman i projektant Andrzej Pongowski. Członkowie jury zrecenzowali łącznie 240 projektów z 33 krajów.
Nagrody przyznano siedmiu uczestnikom, którzy podzielili się pulą nagród w wysokości 200 tysięcy euro. Trzy główne nagrody odebrało biuro Kwadrat (jego projekt będzie realizowany), polski warsztat Piotr Płaskowicki & partnerzy oraz greccy architekci Betaplan. Nagrody pieniężne otrzymały także biura bułgarskie, tureckie i dwa polskie.
Wiosną 2010 roku na oficjalnej stronie przyszłego muzeum pojawił się apel Donalda Tuska do konkurujących architektów. Premier RP zasugerował, że „koncepcja muzeum i jego dalszy rozwój w dużej mierze zależeć będzie od formy architektonicznej”. I tak się stało: Jackowi Droszczowi, kierownikowi pracowni Kwadrat, naprawdę udało się w swojej twórczości częściowo z góry przesądzić o decyzji muzealnej ekspozycji. W rozmowie z Gazetą Wyborczą Trójmiasto mówił o symbolice swojej wersji muzeum: przyszli zwiedzający obejrzą ekspozycję, zaczynając od części podziemnej („to jak piekło generowane przez wojnę”), a kończąc na wieża z widokiem na panoramę odnowionego Gdańska. Czas i przestrzeń to tutaj podstawowe kategorie. Straszna podróż w czasie zaczyna się w lochu; zwiedzający muzeum wraca do nowoczesności dopiero po wznoszeniu się na parter. Wieża na końcu wystawy symbolizuje przyszłość zastępującą przeszłość i teraźniejszość.
Jury zaznaczyło, że zaprojektowany przez pracownię Kwadrat budynek wywołuje grozę wojny, ale jednocześnie nie odbiera mu nadziei na przyszłość. Zdaniem ekspertów złożony temat jest prawidłowo ujawniony. Wartość budynku podnosi się ze względu na jego wszechstronność; wieża muzeum jest więc całkowicie konstruktywnym wynalazkiem: stanie się wspaniałym tarasem widokowym. Przestrzeń muzeum została stworzona nie tylko po to, by opowiadać o przeszłości, ale w równym stopniu stać się miejscem wypoczynku mieszkańców i gości współczesnego Gdańska.
Warto zauważyć, że sam fakt powstania muzeum był początkowo traktowany niejednoznacznie. Na przykład przedstawiciel regionalnej ochrony zabytków Marian Kwapiński wyraził zaniepokojenie ochroną historycznej strefy miasta, ale udany projekt był w stanie rozwiać wszelkie wątpliwości.
Architekci drugiego miejsca, Piotra Plaskowickiego i partnerów, powiedzieli, że ich muzeum było bardziej „antybudowlane”. Według ich projektu na brzegu kanału znajduje się masywna ciemnoczerwona ściana z ostrymi zębami na szczycie, obok kontrastujący z nią równoległościanowy pawilon. Te dwa elementy oddzielone są od siebie zadaszoną przestrzenią - chodnikiem dla pieszych. Ten projekt jest nie mniej symboliczny niż zdobywca pierwszego miejsca. Jury dostrzegło w nim przełom okresów historycznych - militarnych i współczesnych, historię zniszczenia i odrodzenia.
Idea warsztatu Betaplan opiera się na prostokącie podzielonym na kilka fragmentów. Stworzyli nowy kształt, umieszczając części oryginalnego prostokąta w przypadkowej kolejności w pewnej odległości od siebie. Rezultatem są budynki połączone wspólną zakładką, tworząc platformę: zwiedzający mogą się po niej wspinać. Jury bardzo doceniło Muzeum Biura Greckiego za to, że jego twórcom udało się „wyczuć” Gdańsk i z powodzeniem wkomponować budynek w panoramę miasta. Okazało się to jednak niewystarczające, gdyż ta opcja osiągnęła jedynie skalę miejską, a organizatorzy chcą, aby przyszłe muzeum stało się instytucją prawdziwie narodową, a nawet ogólnoeuropejską.
Jak informuje Gazeta Wyborcza Trójmiasto, 4 stycznia 2011 r. Podjęto uchwałę o sfinansowaniu projektu Muzeum II Wojny Światowej. Na jego budowę i aranżację wyda się 358 mln zł (ok. 120 mln dolarów). Dziś muzeum jest uważane za budynek priorytetowy: oznacza to, że nawet w trudnym okresie pokryzysowym będzie traktowane priorytetowo, ponieważ muzeum poświęcone wojnie będzie nadal kojarzone z pokonywaniem przeszkód i odrodzeniem.
