Projekt rozpoczął się w 2001 roku: w 1999 roku kontrola nad Kanałem Panamskim została przekazana ze Stanów Zjednoczonych władzom Panamy, a jednocześnie pojawiło się pytanie o nowe wykorzystanie przyległych terytoriów. Jedna z sekcji - zajmowana wcześniej przez amerykańską bazę lotniczą - została przeznaczona na muzeum. Budowa rozpoczęła się w 2006 roku, ale dopiero na początku października Biomuseo zostało otwarte dla publiczności - choć jeszcze nie w pełni: kilka hal i akwarium będzie gotowe dopiero zimy 2016 roku.
Dzięki kolorowemu aluminiowemu dachowi muzeum powinno przypominać tętniącą życiem przyrodę Panamy, metalowe dachy lokalnych chat i historyczne konstrukcje infrastruktury kanału. Położony na wąskim półwyspie wystającym do zatoki, budynek jest widoczny z daleka i sam może zaoferować swoim gościom panoramiczne widoki na miasto i Pacyfiku „ujście” Kanału Panamskiego.
Czas trwania budowy muzeum, nazywanego przez miejscowych „muzeum, które nigdy nie zostanie ukończone”, tłumaczy się m.in. niskimi kwalifikacjami tutejszych budowniczych. Szorstki beton podłóg i ścian trzeba było wielokrotnie wylewać, a dach z tolerancją 6 mm również sprawiał wiele trudności.
Jednak teraz muzeum nie tylko zostało pomyślnie zbudowane, ale prawie w całości wypełnia się wystawą „Most życia”, zaprojektowaną przez Bruce'a Mau. Za naukową stronę projektu odpowiadał Smithsonian Institution w Waszyngtonie, a Biomuseo stało się jego jedynym partnerem muzeum poza Stanami Zjednoczonymi.
Muzeum poświęcone jest niesamowitej różnorodności naturalnej Przesmyku Panamskiego: na powierzchni 75 000 km2 jest domem dla większej liczby gatunków ptaków, ssaków, gadów i roślin niż łącznie w Stanach Zjednoczonych i Kanadzie. Ponadto ekspozycja szczegółowo opowiada o procesie formowania się przesmyku, który rozpoczął się 12 milionów lat temu i zakończył 3 miliony lat temu. Jego wygląd zmienił ekosystemy i klimat na skalę planetarną: zamiast jednego oceanu powstał zupełnie inny Atlantyk i Pacyfik, Prąd Zatokowy „zaczął się” od wyłaniającego się Morza Karaibskiego, a Ameryka Północna i Południowa zjednoczyły się po raz pierwszy w 70 milionach lat. Wzdłuż przesmyku rozpoczęła się aktywna migracja zwierząt, a stosunkowo niedawno, 15 000 lat temu, pierwsi ludzie przeszli tę trasę z północy na południe.
Biomuseo, które kosztowało 95 mln dolarów (nie licząc kosztów jeszcze nieukończonych hal wystawienniczych), jest przeznaczone przede wszystkim dla uczniów (planuje się sprowadzać tam rocznie 40 tys. Uczniów na bezpłatne wycieczki) oraz dla turystów, gdyż terminal statków wycieczkowych jest bardzo blisko. W idealnym przypadku władze oczekują od muzeum „efektu Bilbao”. Zgodnie z ich planem, powinien stać się tym samym symbolem miasta Panama i kraju Panamy, którym Opera Utsona stała się dla Sydney i Australii.
