Zespół muzealny to zrekonstruowana elektrownia z początku XX wieku, ceglana konstrukcja z neoklasyczną dekoracją sztukatorską, w której osadzone są krystaliczne formy charakterystyczne dla Libeskinda. Z zewnątrz wyglądały jak sześcienne i wydłużone niebieskie tomy ze stali nierdzewnej wystające z podłóg budynku. Występują w postaci dwóch liter alfabetu hebrajskiego - „kapelusz” i „jod”, które razem tworzą motto projektu Libeskinda L'Chaim, co oznacza „do życia”. Są one jednak czytelne tylko wtedy, gdy spojrzy się na budynek z góry, niedostępny dla przeciętnego gościa muzeum.
W holu muzeum ściana naprzeciw wejścia jest wyłożona podkreślonymi reliefami tworzącymi słowo „pardes”, oznaczające „rajski ogród”, a także symbolizujące cztery poziomy zrozumienia Tory. Ale ten element projektu jest również postrzegany z trudem ze względu na ostre zakręty w przestrzeni holu.
Na głównej - pierwszej kondygnacji kompleksu - znajduje się również audytorium (na suficie abstrakcyjnie przedstawiona jest mapa Ziemi Świętej), centrum edukacyjne i galerie. Na drugim piętrze znajdują się pomieszczenia administracyjne, a także sala wystawowa o tej samej nazwie, wpisana w ogromną kostkę z literą „jod”, oświetlona przez 36 wielokątnych okien.
Sam Libeskind podkreśla różnicę między budynkiem w San Francisco a jego żydowskimi muzeami w Starym Świecie: kalifornijski budynek nie ma piętna katastrofy Holokaustu, która jest koniecznie obecna w jego europejskich projektach. Niemniej jednak język architektury Libeskinda pozostał ten sam: ostre, przerywane linie, które wcześniej symbolizowały historyczną tragedię, powinny teraz przedstawiać „budki niebios” kwitnącej żydowskiej diaspory na wybrzeżu Pacyfiku.
