Projekt przebudowy był sponsorowany przez Hiszpanów Cruz y Ortiz, wystawę zaprojektował Jean-Michel Wilmotte, a renowację wykonał Van Hoogevest Architecten. Zadaniem architektów było zaadaptowanie masywnego budynku z nurtu eklektyzmu, wzniesionego w 1885 roku przez Petrusa (Pierre'a) Kuypersa, na potrzeby muzeum XXI wieku. Bujne wnętrza odwracały uwagę od eksponatów, brakowało miejsca zarówno na wystawy, jak i na program towarzyszący, nie można było zaaranżować stałej ekspozycji według jednego systemu itd.
Teraz wszystkie eksponaty od XII do XX wieku ułożone są w ścisłym porządku chronologicznym, według pięter od dołu do góry, a chronologię wspiera kolorystyka: farba na ścianach stopniowo rozjaśnia się, gdy przesuwa się w górę, sięgając prawie biały w salach sztuki współczesnej. Jednocześnie wszystkie prace zostały zaaranżowane w nowy sposób, z wyjątkiem najważniejszej - „Straży nocnej” Rembrandta, która powróciła na swoje dawne miejsce w „Galerii Honorowej”, gdzie prace Złotego Wystawiono wiek sztuki holenderskiej.
Architekci, zgodnie z ustalonym już schematem w budownictwie muzealnym, zablokowali dwa dziedzińce budynku szklanymi dachami, a także pogłębili je do poziomu kondygnacji -1, usuwając wcześniej zajmujące je późniejsze dobudówki. Następnie pod jednym dziedzińcem umieścili audytorium, a pod drugim sklep muzealny i kawiarnię. Same dziedzińce zamieniły się w przestronne przestrzenie publiczne, do których można wejść nawet bez kupowania biletu. Ich mury tworzą elewacje dziedzińców muzeum, a nowe powierzchnie licowane są jasnym kamieniem. Antonio Cruz i Antonio Ortiz wzięli pod uwagę błąd Normana Fostera, na którego dziedzińcu British Museum każdy dźwięk jest wyraźnie słyszalny, a nawet echo, dlatego w Rijksmuseum odgłosy są stłumione przez białe kraty z materiałem dźwiękochłonnym zawieszonym na sufitach.
Ale głównym problemem architektów było połączenie dwóch dziedzińców w jedną całość. Zabytkowy budynek posiada pośrodku elewacji korytarz dla pieszych i rowerzystów, umożliwiający szybkie przejście przez budynek. Projekt rekonstrukcji zakładał przekształcenie go w główne wejście do muzeum, jednocząc oba dziedzińce, ale mieszkańcy zbuntowali się i teraz korytarz zachował się w pierwotnej formie, do muzeum można dostać się czterema małymi wejściami, a także położono przejście podziemne. pod nim, łącząc ze sobą dziedzińce.
Muzeum zostało zamknięte z powodu rekonstrukcji w 2003 r. I miało zostać otwarte już w 2008 r. 10-letni okres prac tłumaczy się tym, że trzeba było podjąć tytaniczne wysiłki, aby zbudować podziemne poziomy w wypełnionej wodą glebie Amsterdamu, oraz nie było wykonawcy tak złożonego projektu. Inżynierowie Arcadis uniezależnili konstrukcyjnie nowe podziemne części budynku od historycznej struktury, która powoli opada. Dlatego też korytarz naziemny i „Galeria Honorowa” znajdująca się nad podziemnym przejściem między dziedzińcami zostały zamienione w wiszący nad nim „most”. Wykopane doły natychmiast wypełniano wodą, więc zalewano je specjalnym betonem do prac podwodnych, a procesem kontrolowali nurkowie.
Budżet projektu wyniósł 375 mln euro, ale obejmuje również budowę osobnego pawilonu sztuki azjatyckiej, umieszczonego na środku stawu, adaptację parku na ogród rzeźb w ramach projektu Copijn Landschapsarchitecten (14.500 m2), budowa wejściowego budynku usługowego, przebudowa historycznej Szkoły Rysunku (Teekenschool) jako muzealnego ośrodka edukacyjnego, a także budowa budynku warsztatów muzealnych w pobliżu Rijksmuseum, połączonego z innym budynkiem Kuypersa - dawnym Instytutem Bezpieczeństwo i higiena pracy.
Ale renowacja muzeum nie została jeszcze zakończona: pozostało otwarte na czas odbudowy
skrzydło Philipsa zostanie teraz przekształcone w nowoczesną przestrzeń wystaw czasowych. Autorami projektu są również Cruz y Ortiz.