Bogata historia architektoniczna kompleksu rozpoczęła się wraz z ukończeniem pierwszego budynku muzeum, zbudowanego w 1939 roku przez Philipa L. Goodwina i Edwarda Durella Stone'a, i od razu stało się jasne, że brakuje miejsca. Philip Johnson wybudował dla MOMA dwa dodatkowe budynki - w 1951 r. (Obecnie rozebrany) oraz w 1964 r. Cesar Pelli dodał do kompleksu przestrzenie wystawiennicze, a także 52-piętrowy kompleks mieszkalny „Wieża muzealna”.
Taniguchi, który pracował nad projektem odbudowy wspólnie z biurem Kon Pedersen Fox, starał się zachować wszystkie ślady poprzedniej restrukturyzacji, podkreślając w nich nieoczekiwane kąty.
Pomimo tego, że XX wiek się skończył, a najnowocześniejsza sztuka przez długi czas była wystawiana w Muzeum Guggenheima, architekt nie poświęcił budowli intensywnego spojrzenia na przyszłość. Wręcz przeciwnie, podkreślona liniowość i gładkie powierzchnie ścian oddają pełnię tego historycznego doświadczenia.
Nowy hol z elewacją z szarego szkła i czarnego granitu poprzedza zespół budynków z różnych epok. Wewnątrz, mijając rząd białych kolumn, zwiedzający wchodzi do ogromnego atrium, wokół którego skupione są galerie wystawiennicze na wszystkich sześciu kondygnacjach. Lekkie mosty na przeciwległej ścianie holu łączą sale na różnych poziomach.
Późniejsze prace znajdują się na niższych kondygnacjach, na górze wczesne, bezwarunkowe klasyki sztuki XX wieku.
Kiedy zwiedzający spogląda w dół z górnej kondygnacji sal, widzi pośród światła i niejako rozpuszczające w architekturze powietrza najważniejsze dzieła danego okresu. Patrząc przez szklaną ścianę jednej z fasad oficyny Taniguchi, Balzac Rodina i włoskie samochody sportowe są jednocześnie widoczne w galeriach na różnych poziomach.
Szczególne miejsce w zespole muzeum zajmuje ogród z płaczącymi brzozami i marmurowymi mostkami, umieszczony za przeszkloną ścianą holu. Znajduje się na niskich tarasach, które nadają mu przestronności. Wraz z nowym sześciokondygnacyjnym budynkiem na ogród otwierają się również stare budynki, w których obecnie mieści się centrum edukacyjne, filmoteka i archiwum zdjęć.
