Architekci David Childs i Daniel Libeskind od półtora roku dopracowują „koncepcję” wieżowca, powstałego wspólnie w grudniu 2003 roku. Kiedy zaktualizowana wersja była już prawie gotowa, nowojorski Departament Policji wystąpił z opóźnionym żądaniem, aby budynek był bezpieczniejszy, chroniąc go w jak największym stopniu przed atakami terrorystycznymi, w szczególności przed eksplozją bomby umieszczonej w samochodzie.
W efekcie wieża została odsunięta od jezdni o 12 metrów, a jej podstawę zamieniono w monolityczny cokół o wysokości 20 kondygnacji (60 m). W sumie konstrukcja podniesie się do 1362 stóp (415 m), równej wysokości jednej z bliźniaczych wież, a wraz z attyką dachową będzie miała wysokość 1368 stóp (417 m), czyli tyle samo, co wysokość druga konstrukcja. Całkowita wysokość, dzięki ogromnej antenie iglicowej, osiągnie symboliczne 1776 stóp (541 m) - w 1776 roku Stany Zjednoczone uzyskały niepodległość.
W trakcie przeróbki projektu zniknął energiczny, skręcony ku górze kształt pierwszej edycji, a umieszczona na krawędzi dachu wieży iglica, będąca echem uniesionej ręki Statuy Wolności, przeniosła się na stabilne centrum. Plan z równoległoboku przekształcił się w kwadrat o boku 60 m - jak w starych wieżowcach WTC. Lekka konstrukcja na szczycie wieży z kabli i turbin wiatrowych całkowicie zniknęła.
Sześcienna podstawa budynku, w której przewidziano jedynie niewielkie szczeliny okienne na wysokości 9 m, pomieści lobby i kondygnacje techniczne. Zewnętrzną stronę bloku ożywią grawerowane blaszki.
Architekt krajobrazu Peter Walker, dla którego jest to drugie zamówienie w nowym kompleksie WTC, został wezwany do ożywienia przestrzeni wokół: stworzył również projekt pomnika ofiar zamachów terrorystycznych razem z Michaelem Aradem.
Powyżej kwadrat planu płynnie zmieni się w ośmiokąt, a następnie ponownie w kwadrat. Ogólnie rzecz biorąc, nowy projekt ma znacznie więcej wspólnego ze starym World Trade Center, a biorąc pod uwagę monolityczny cokół wieżowca, znacznie przewyższa swoich poprzedników pod względem surowości i niedostępności. Reakcja na terrorystów, którą powinien uosabiać budynek, zmieniła się z wyzwania dla świata wolności w wyzwanie dla potężnego imperium.
